En el momento de la creación del Museo Arqueológico en 1879 los fondos de museo se formaron por los primeros restos que se hallaron en Atarfe (Granada) pertenecientes a la antigua ciudad emiral-califal de Medina Elvira (siglo VIII-XI) y otros de distintas épocas, como los hallados en distintas sepulturas tardorromanas de Ventas de Zafarraya (Granada), que fueron donados a la Comisión de Monumentos de Granada, que los cedió oficialmente el 3 de Enero de 1880.

Cuenta el museo con un gran número de piezas de extraordinario valor y singularidad que podríamos denominar "obras de arte", y multitud de objetos cotidianos. Cada pieza nos habla de su entorno social, de qué hombres las han utilizado, de qué cuevas, casas o poblados o ciudades han servido como expresión de la vida política, económica, familiar o espiritual.

El visitante puede comprender en la Sala I el lento proceso de la evolución humana y su expansión por nuestra tierra en el Paleolítico, desde el Homo Erectus de Orce (1.200.000 a.C. aproximadamente) al Homo Sapiens Neanderthal de la Cueva de la Carigüela de Piñar (60.000 a.C. aprox.),la fauna que convivía con ellos (rinocerontes, caballos o felinos en periodos cálidos y mamuts o ciervos en periodos fríos), y la industria lítica tallada por estos hombres depredadores que subsistían de la caza, la pesca y la recolección (bifaz cordiforme de la Solana de Zamborino de Fonelas, o bifaz lageniforme (en forma de botella) del Cortijo de Calvillo en Fuente Camacho de Loja).

En la Sala II vemos como el hombre, por medio de la agricultura, conseguida en la "Revolución Neolítica", que llegará a la Península aproximadamente en el 5.000 a.C., pasó de la vida depredadora a la vida productora, aunque nuestros congéneres neolíticos viven aún en cuevas. Surge en estos momentos la cerámica decorada (cardial e incisa) como las de la Cueva de la Carigüela de Piñar y la Cueva de la Mujer de Alhama y la de los yacimientos al aire libre de La Molaina de Pinos Puente o la Peña de los Gitanos de Montefrío. La industria lítica se transforma en pulimentada aunque convive con la piedra tallada y los instrumentos de hueso. Pronto el Neolítico se funde con el Cobre o Calcolítico (3.000 a 2.000 a.C. aprox.) con la aparición de los poblados y enterramientos colectivos de culturas bien diferenciadas: la Megalítica, la de los Millares y la del Vaso Campaniforme. Hallamos objetos de tal valor como el ídolo de marfíl de El Malagónde Cúllar-Baza, el exclusivo ídolo grabado en un dolmen de Fonelas, o las extraordinarias piezas de esparto y la diadema de oro de la Cueva de los Murciélagos de Albuñol, y la cerámica campaniformedel Cerro de la Virgen de Orce.

La etapa del Bronce (Sala III), se caracteriza por la influencia de la cultura del Argar, procedente de la cuenca del Almanzora, en el Bronce Inicial y Pleno (1.900 al 1.200 a.C. aprox.), y de la cultura de Cogotas I en el Bronce Final (1.200-1.000 a.C. aprox.). Los poblados se amurallan como los del Cerro de la Encina en Monachil, del Castellón Alto en Galera, de la Cuesta del Negro en Purullena o el Cerro de los Infantes en Pinos Puente. En esta época los enterramientos son individuales con los cadáveres colocados en posición fetal acompañados de cerámica lisa, o con incrustaciones metálicas (Cerro de los Infantes en Pinos Puente), y con diversa tipología (en cista, en fosa, y en grandes vasijas o pithos).La minería y la industria metalúrgica prosperaron como vemos en el molde de fundición de la Cuesta del Negro de Purullena y las armas y utensilios de bronce del Cerro de la Mora de Moraleda de Zafayona o Peña de los Gitanos de Montefrío.

En la galería baja del patio se puede hacer un recorrido por la epigrafía romana de la provincia.

En la Sala IV hallamos la huella de los colonizadores orientales (fenicios, griegos y cartagineses) que introdujeron, a partir del siglo VII a.C., a los pueblos íberos en la cultura mediterránea, aportando el cultivo de la vid y el olivo, la moneda o la escritura. En Almuñecar tenemos los restos púnicos maravillosos de la Necrópolis de la Laurita, con alabastrones egipcios o oinochoes y kotilés griegos, y la impresionante coraza griega encontrada en la cueva submarina del Jarro. La cultura ibérica autóctona la recordamos en la cerámica pintada con almagra,las leonas de Daragoleja de Trasmulas, y las armas y utensilios de hierro del Mirador de Rolando de Granada.

La incorporación de la Bética al Imperio Romano se produce a partir del s.II a.C., siendo una de las provincias que más se romanizó, adoptando sus costumbres, cultura, religión, estructura social y política y la economía (recuérdese la triada mediterránea: trigo, vid, olivo). En la Sala V todos esos aspectos están representados, perviviendo hasta el s.V. d.C.,por el magnífico bronce del Togado del Cortijo de Periate de Piñar, por las esculturas de mármol procedentes de Almuñecar, por las termas del pago del Fiche de Talará,y por la gran tipología de ánforas vinarias u oleícolas, los cepos de plomo de anclas y la cerámica de terra sigilata de Cartuja en Granada.

La Sala VI es una pequeña muestra de la Antigüedad Tardía (s. V-VIII d.C), en la que se compaginan el desarrollo del cristianismo y el declive del Imperio Romano; nos muestra también el nacimiento del reino Visigodo.Podemos destacar de estas etapas los ladrillos decorados de tema religioso utilizados en el techo, con lápidas funerarias y conmemorativas, canceles labrados y la rica orfebrería representada por los broches y fíbulas de la Necrópolis de Marugan de Atarfe.El paso del periodo visigodo al musulmán, después de la conquista a partir del 711, se materializa con las lápidas visigodo-mozárabes de Reconsindus y Ciprianus de Medina Elvira en Atarfe.

La rica etapa hispanomusulmana está representada en la Sala VII, y vamos a detenernos en ella por su relación directa con la "Ruta del Califato". Es nuestro museo el que custodia las piezas halladas en la ciudad emiral-califal (s. VIII-X) de Medina Elvira (Atarfe), capital (hadira) de la cora o provincia del mismo nombre y que enlazaba con Córdoba por el puente califal de Pinos Puente. A finales del siglo XIX se hallaron gran cantidad de piezas de bronce y cerámica. Estos objetos fueron adquiridos por Manuel Gómez-Moreno González para la Comisión de Monumentos. Entre los objetos de bronce podemos destacar las lámparas de platillo de la mezquita mayor y los portalámparas y candiles de otros lugares de la ciudad. Podemos dividir la cerámica de Medina Elvira en dos grandes bloques: la común y la de "verde y manganeso" denominada también como de Madinat al-Zahra o Medina Elvira. La común está formada por las piezas de uso cotidiano sin vidriar o vidriada de un solo color, y la"verde y manganeso" compuesta por las piezas vidriadas en esos colores. El vidriado se consigue al aplicar a la cerámica cocida una capa de engobe de diversos óxidos metálicos que en la segunda cocción se transforman y crean una capa vítrea de distintos colores. Según el óxido que apliquemos así será el color final conseguido (el óxido de plomo se convierte en melado (de miel), el óxido de plomo mezclado con el óxido de hierro se convierte en verde, y el óxido de manganeso en morado). Entre la cerámica verde y manganeso aparecida en Medina Elvira destacan tres piezas: El "jarro de las Liebres", el "ataifor del Caballo" y el "ataifor del Halconero".

También están representadas en el museo las etapas de los reinos de taifas (s. XI), almorávide y almohade (s. XI-XIII) y nazarí granadino (s. XIII-XV). Destacan en el periodo nazarí los restos de la portada del hospital árabe o Maristán de Granada, fundado por Yusuf I en 1349, y el astrolabio fabricado por Ibn Zawal en 1481, en el epígono de la cultura hispanomusulmana.

En la galería alta se exponen una selección capiteles romanos, visigodos e hispanomusulmanes (emirales, califales, almohades y nazaríes).