Se trata de una pequeña construcción de estilo mudéjar, construida a base de ladrillos, y que presenta planta rectangular. En la fachada principal podemos observar un arco de herradura apuntado con alfiz. Sobre dicho alfiz, presenta una pequeña hornacina, utilizada probablemente para albergar algún tipo de imagen religiosa, y sobre la que se haya una cruz latina inscrita en el enlucido actual. Rematando el edificio, se dispone una cornisa sencilla y una cubierta plana. 

En cuanto al interior, las huellas conservadas en sus paramentos nos hablan de que tenía un forjado a 3,70 metros del suelo, que dividía el edificio en dos plantas. Así, las intervenciones arqueológicas realizadas han puesto de manifiesto que la escalera de acceso a la segunda planta se situaría en la esquina noroeste del edificio. 

Como ya se ha comentado, su construcción se debe a los Reyes Católicos, quienes la erigieron y dotaron bajo la advocación de San Juan Evangelista. Tras su edificación, esta iglesia atendió a las necesidades espirituales de la guarnición establecida en la fortaleza. En un principio, el encargado de ofrecer el oficio religioso era el capellán, pero posteriormente serían dos religiosos del convento de San Francisco.

A mediados del S. XVI se encontraba adornada con un pobre mobiliario litúrgico consistente en una imagen de bulto redondo de Nuestra Señora y una tabla pintada con la representación del Crucificado, ambas piezas procedentes de la antigua mezquita-catedral de la Almedina.

Será ya en el S. XVII cuando se denuncie la situación de deterioro que presentaba. En concreto, en 1632 los frailes del Convento de San Francisco, encargados del culto a la Ermita, denuncian al teniente alcaide Rodrigo de Gibaja dicho estado, pues desde 1523 no se habían realizado obras en el edificio. 

Por otro lado, podemos decir que en 1781 la Ermita se mantenía íntegra, con el ajuar y enseres característicos, según se extrae del inventario de pertrechos, armas y espacios que conservaba la fortaleza en dicho año y realizado por el nuevo alcaide, Vicente Joaquín Osorio de Moscoso y Guzmán, Duque de Maqueda. 

Entre 1836 y 1837, como consecuencia de la refortificación de la Alcazaba por la Primera Guerra Carlista, se realizan obras de fortificación en la ermita. Tenemos que decir que en un momento indeterminado el edificio dejó de tener uso religioso y se destinó para dependencia militar. Así aparece, tanto en el plano de 1847, de la Plaza de Almería y sus inmediaciones, y en el plano de 1856 de Vicente Beleña, en el que figura como cuartel. Asimismo, en 1855, cuando se suprime la Plaza militar de Almería y la Alcazaba se divide en dos partes, el ramo de Guerra se reserva el edificio de la ermita, junto con otros, como almacenes. 

Por último, tenemos constancia del estado de deterioro que sufría a mediados del S. XX, ya que en 1963, en el Proyecto de obras de restauración de la Alcazaba de Almería del arquitecto-conservador Francisco Prieto Moreno, se lleva a cabo la rehabilitación de la cubierta de la ermita. 

En cuanto a la posible existencia de un edificio o espacio anterior a la conquista cristiana, se conserva un plano realizado en el año 1953 por Juan Sánchez Peña, que muestra la existencia de una serie de estructuras al interior de la ermita, aunque no quedaba clara su relación directa y cronológica con el edificio actual. En este sentido, y con motivo de la instalación del aire acondicionado en el edificio, se llevó a cabo un sondeo estratigráfico en el extremo Este del mismo, que permitió localizar una serie de estructuras pertenecientes a fases anteriores a la construcción de la ermita. Tenemos que decir que ya a mediados del S. XX fue excavado, concretamente la zona Oeste, aunque no afectó al espacio intervenido en esta ocasión. De esta forma, se localizó la escalera reflejada en el plano de Sánchez Peña, de la que tan solo se conservaban cuatro escalones, y que daba acceso a una especie de abertura sin identificar, que llegaba hasta el contiguo muro de la Vela, pero que se encontraba tapiada. En este sentido, la fase más antigua documentada se corresponde con un muro de tapial, perpendicular al muro de la Vela, que fue arrasado y reutilizado en época cristiana. A la segunda fase pertenece un suelo de argamasa de cal y un muro de mampostería irregular que, posteriormente, fue reestructurado, mientras que el suelo fue destruido por una fosa del S. XV. A una tercera fase se asocia otro muro de mampostería irregular, que se adosa a la muralla califal. La cuarta fase se corresponde a época nazarí, cuando se remodela el espacio y se construye un muro de sillares de arenisca alternado con hiladas de ladrillos. A esta misma fase pertenece una estructura cuadrangular de ladrillo, en cuyo interior se localizaron restos de un candil de pie alto y una olla, ambos del S. XIV. De esta forma, como consecuencia de los terremotos ocurridos a finales del S. XV y principios del S. XVI, el edificio existente debió quedar muy deteriorado, hecho que propició la construcción de la ermita como un edificio de nueva planta, sobre los restos islámicos. 

En la actualidad, este espacio se utiliza como sala de usos múltiples, para conferencias, talleres didácticos, presentaciones de libros, actuaciones, etc. 

Referencias bibliográficas:

• Arias de Haro, F., y Alcalá Lirio, F.: Memoria de la intervención arqueolóica en el área de actuación 13 (Ermita de San Juan) de la Alcazaba de Almería. Consejería de Cultura. Junta de Andalucía. 
• Suárez Márquez, A., (2012): Guía oficial del Conjunto Monumental. Alcazaba de Almería. Consejería de Cultura y Deporte. Junta de Andalucía. 
• Garzón Osuna, D. (2015): Compendio de obras en la Plaza militar de Almería y su Alcazaba: siglos III al XX. Tesis Doctoral. Universidad de Granada.