El aporte de este equipamiento museístico para el Sitio es clave, ya que permite complementar la visita a los monumentos e incluye una compresión mucho más amplia del paisaje que los rodea, del territorio que los acoge y de los asentamientos humanos que hicieron posible estas construcciones megalíticas.

El museo de sitio parte de la integración con la naturaleza gracias a su propia arquitectura, que reduce el impacto visual del edificio preexistente siguiendo las recomendaciones de la UNESCO, con el objetivo de mantener todos los valores y alineaciones visuales que poseen los tres megalitos con el entorno: Menga y la Peña de los Enamorados; Viera y el Sol; El Romeral y El Torcal.

En el diseño del edificio se han seguido criterios de desarrollo sostenible, con el objetivo de satisfacer las necesidades presentes, sin crear problemas medioambientales futuros. El criterio que ha prevalecido en la elección de los materiales, acabados y el diseño de sistemas e instalaciones ha sido que garantice un menor coste energético y una mejor utilización y funcionamiento de la institución.

A nivel arquitectónico, el museo de sitio cuenta con una superficie de 4.300 metros cuadrados (3.500 útiles) repartidos en dos niveles: la planta principal y la planta sótano. En la planta principal se distribuyen distintos espacios expositivos. La primera sala se ubica en la zona de recepción o vestíbulo de acceso y se trata de la primera unidad temática de la exposición permanente, titulada "Cosmovisión del Sitio de los dólmenes de Antequera". En la misma se da una visión completa de todos los monumentos naturales y culturales que conforman el Sitio y su objetivo es transmitir al visitante su valor universal excepcional. A continuación y lindando con ésta se encuentra la Sala de Exposiciones Temporales "Manuel Gómez-Moreno", de temática arqueológica. En esta planta también se sitúa otra unidad temática de la exposición permanente, el Salón de Actos "Manuel de Góngora", donde se proyecta el audiovisual "Menga, un proceso de construcción". Por último, la Sala de Exposición Permanente "Antequera Milenaria", que versará sobre la Prehistoria de las Tierras de Antequera.

En la planta sótano se localiza la Sala de Exposiciones Temporales "Muñoz Rojas", un espacio a doble altura que seguirá una línea de arte contemporáneo, con muestras dedicadas a artistas que trabajan el paisaje o Land Art.

Igualmente encontramos otra sala de exposición permanente, dedicada a los hermanos Viera Fuentes, descubridores del dolmen que lleva su nombre, además de El Tholos de El Romeral. En ella se encuentran musealizadas las cancelas que, hasta hace unos años, estaban colocadas en las entradas de los monumentos.

Por último, se distribuyen en esta planta el Centro de Documentación "Antonio Arribas Palau"; el Aula "Luis Siret", así como las distintas áreas de trabajo y almacenes con los que cuenta el museo de sitio.