Junto a la obra y adecuación de instalaciones, el aspecto más destacado es la nueva disposición museográfica, que incorpora un gran número de piezas desde los depósitos del museo y que las dispone según un eje cronológico y temático, según los siguientes temas:

• El Museo del XIX, pintura religiosa de los ss. XVII y XVIII.
• Espacio Sebastián Martínez Domedel
• La ciudad Conventual de Jaén en la Edad Moderna.
• Pintura de paisaje e inicios del realismo.
• La docencia de pintura en el siglo XIX. Las academias de Madrid y Roma.
• La imagen de la mujer en el cambio de siglo.
• Espacios monográficos de retrato siglos XIX y XX
• El tránsito al siglo XX. Pintores simbolistas y la escuela de Nogué. El panorama español.

Este nuevo discurso incorpora hasta 29 nuevas piezas a la exposición permanente, y se ha diseñado para fomentar la rotación de las piezas custodiadas por el museo en sus almacenes.