El recorrido completo del museo ocupa trece salas que se pueden visitar de manera sucesiva para contemplar la colección en orden cronológico.

Se sugieren a continuación una serie de recorridos parciales como alternativos a la visita completa.  

El edificio y la decoración cerámica

Junto a la colección, el edificio del antiguo Convento de la Merced Calzada, sede actual del museo, es el otro punto de interés en la visita. Se articula en torno a tres patios como es característico en la arquitectura conventual. El primero es el Patio del Aljibe, de planta trapezoidal y el más sencillo arquitectónicamente como corresponde a su destino primero que era albergar las oficinas y otras dependencias de la vida doméstica de los monjes. Dede él se accede, por la izquierda, al Patio de los Bojes y por la derecha al Claustro Mayor, adosado a un lateral de la iglesia y que sobresale por sus dimensiones y por la esbeltez de las columnas pareadas sobre amplio plinto en su cuerpo bajo. Entre ellos, articulando el edificio, se encuentra la gran escalera, proyectada con un doble arranque en sus dos tramos y alojada en un amplio espacio cúbico coronado por una cúpula sobre trompas. Estaba ricamente decorada con un programa iconográfico mariano, hoy prácticamente desaparecido. Destacamos, por último, la iglesia, de grandes proporciones y ejemplo de sobriedad arquitectónica. Tiene planta de cruz latina formada por una nave y un amplio crucero. De su antiguo esplendor solo se conserva la decoración pictórica de las bóvedas, cúpula, entablamentos y pilastras, realizada en el siglo XVIII por Domingo Martínez.

Nada más acceder al vestíbulo del museo lo primero que llama la atención es la cerámica de los muros, procedente de las fachadas-retablo de los conventos sevillanos desamortizados. Esta decoración se extiende por los tres patios, ofreciendo un variado repertorio que va desde el alicatado de tradición hispano-musulmana o la mayólica con motivos renacentistas, hasta los paneles barrocos con escenas religiosas. Destacan algunas obras significativas como el arco de Hernando de Valladares, que enmarca la puerta de paso del vestíbulo al Patio del Aljibe; el frontal de altar dedicado a las Santas Justa y Rufina, del mismo autor, situado en el Patio de los Bojes o el conjunto de la fachada del convento del Pópolo que decora el vestíbulo. La Virgen del Rosario, de Cristóbal de Augusta, en el Patio del Alibe, tiene gran interés por estar fechada y por su iconografía. Representa a la Virgen acogiendo bajo su manto a varios religiosos, tema que se repite en la Virgen de las Cuevas, obra de Zurbarán que se expone en la sala X.

De Niculoso Pisano, el introductor en Sevilla de la técnica del azulejo polícromo y el repertorio decorativo renacentista, es la Virgen con Niño expuesta en la sala II, obra de gran calidad en el colorido y en el dibujo.

Vestíbulo, patios

Del arte medieval al primer Naturalismo

En el recorrido de las primeras cuatro salas de museo asistimos al nacimiento del arte sevillano tras la conquista de la ciudad a los musulmanes por el rey Fernando III el santo, desde la introducción la cultura medieval cristiana hasta el momento anterior a la llegada del barroco.

Las pinturas de la sala I presentan características comunes como el sentido decorativo, el gusto por el detalle, el uso del dorado en los fondos, las figuras ensimismadas y amables o la falta de perspectiva. 

La construcción de la catedral favorece el nacimiento de una escuela local que en escultura está representada por Lorenzo Mercadante y su discípulo Pedro Millán que crearon sus obras en barro siguiendo la tradición local.

Ya en el siglo XVI, el comercio con América supone el florecimiento económico, social y cultural de Sevilla. Esto va a permitir el patrocinio de importantes actividades artísticas y la llegada de artistas extranjeros: flamencos e italianos. El Renacimiento es introducido en la pintura por el flamenco Alejo Fernández que crea una escuela en la que se forman la mayoría de los artistas locales. En escultura la novedad llega con el italiano Pietro Torrigiano, referente para la imaginería sevillana posterior con obras como el magnífico San Jerónimo.
La sala II muestra también obra importadas de varios artistas flamencos como Martín de Vos o Frans Francken y dos obras maestras del Greco y del alemán Lucas Cranach. 

En la sala III vemos la pintura de las últimas décadas del siglo XVI en la que destacan Luis de Vargas, formado en Italia y Alonso Vázquez, pintor que revitaliza el panorama sevillano. Muy importante es el papel de Francisco Pacheco,  más que como pintor  teórico y por su taller,  en el que se formaron Herrera el Viejo, Velázquez y Alonso Cano. Vemos también cuatro obras de la serie de cuadros pintados  por Pacheco y Vázquez para este edificio cuando era convento de la Merced Calzada. Narran la historia de la orden mercedaria y de sus principales miembros, el fundador San Pedro Nolasco y San Ramón Nonato. 

A comienzos del siglo XVII aparece en la pintura sevillana una tendencia naturalista que terminará imponiéndose. En la sala IV está representada por la obra de Roelas, pintor que introdujo el sentimiento y la observación del natural. Se ve en su Santa Ana enseñando a leer a la Virgen, obra de colorido más natural, formas menos perfiladas y luminosidad contrastada. Supone un acercamiento a lo inmediato y lo anecdótico como puede verse en el detalle de los objetos inanimados. 
Destaca en la sala la obra temprana de los discípulos de Pacheco: su yerno Velázquez y Alonso Cano que pronto superarían al maestro.
La escultura presenta el tema iconográfico del Niño Jesús exento que tanta fortuna tuvo desde el modelo que creara Martínez Montañés. 

Salas I a IV

Los maestros del Barroco

El núcleo esencial de la colección que atesora el museo está constituído por los grandes maestros de la pintura sevillana del siglo XVII.  La observación directa de la naturaleza que cultivan algunos pintores como Roelas, en las primeras décadas de siglo, y que podemos contemplar en la sala IV, inicia una nueva época que será la mas destacada de la pintura sevillana de todos los tiempos.
En la sala V, la antigua iglesia del convento, se exponenla obra de los artistas más importantes del momento.  Desde sus pies, en donde se muestra el retablo mayor del convento de Montesión del maestro de Murillo, Juan del Castillo,  hasta la cabecera, lugar privilegiado donde se exhibe la obra de su discípulo, discurre la nave de la iglesia, que sirve de tránsito entre este primer naturalismo y el barroco pleno a través de los grandes lienzos de altar de los más importantes autores del momento: Vázquez, Uceda, Roelas, Zurbarán y Herrera el Viejo. Se trata de monumentales composiciones, divididas en dos, y hasta en tres registros, que loan a los más importantes santos de las distintas órdenes religiosas. 

De Murillo se puede contemplar, posiblemente su mejor conjunto pictórico, realizado para el retablo mayor y las capillas laterales de la iglesia del Convento de Capuchinos de Sevilla, colocado aquí siguiendo la disposición que tenía en origen. Se trata de una obra realizada en su madurez artística y técnica, lo que se trasluce en complejos juegos de luces y vaporosas  pinceladas de prodigiosa soltura.  La monumental Inmaculada Colosal, que centra actualmente el retablo principal, es la única obra que no pertenece al conjunto y que sustituye a la original, El Jubileo de la Porciúncula, actualmente fuera de España.

La obra de Zurbarán, la personalidad artística dominante en el segundo tercio de siglo, si bien anterior cronologicamente a la de Murillo, se encuentra en la sala X. El museo atesora espléndidos testimonios de varios de sus ciclos monásticos. En el del convento de San Pablo vemos su maestría en el tratamiento de las figuras aisladas, de gran potencia expresiva y sorprendente carácter descriptivo en sus ropajes. En los lienzos para la Cartuja de Santa María de las Cuevas, interpreta, con gran fuerza plástica, los principios espirituales de la orden cartuja: el silencio, la devoción a la Virgen María y la modificación por el ayuno.  

La obra del tercer gran artista del barroco sevillano, Juan de Valdés Leal, se exhibe en la sala VIII. Un estilo directo y enérgico, de técnica suelta y dinámicas  composiciones llenas de vitalidad evidencian una personalidad propia y muy definida en la pintura sevillana, si bien se trata de un autor muy desigual, de más calidad en la serie de San Jerónimo por comparación con la de San Ignacio de Loyola, que realizó probablemente por un precio menor y con ayuda de sus colaboradores. 

Salas IV, V, VIII y X

El siglo XIX

El arte del siglo XIX supone un cambio radical respecto al de siglos anteriores ya que los asuntos temática religiosos pierden su preminencia mientras otros géneros como la pintura de historia, el retrato, el paisaje o la temática costumbrista se consolidan. 

El retrato se cultiva con profusión desde el Romanticismo. La sociedad española sufre una transformación económica que posibilita la pujanza de la clase social burguesa que aspira a perpetuarse por medio del retrato y buen ejemplo de ellos son los de  el Marqués de Bejons o el de Arturo Pomar de Margrand de Antonio María Esquivel, el mejor retratista de su época. Pero si hay que destacar un retrato romántico por excelencia es el que Valeriano Bécquer realiza a su hermano el poeta Gustavo Adolfo, magistral obra realizada de manera más espontánea, menos encorsetada.
Más avanzado el siglo se exponen el retrato de Irene realizado por su padre, el pintor José Jiménez Aranda y algunos de los que José Villegas Cordero realizó de su mujer Lucía Monty a lo largo de toda su vida. 

El paisaje adquiere carta de naturaleza como género independiente en esta época. Manuel Barrón es el máximo exponente del paisaje romántico andaluz. La serranía de Ronda le servirá de localización para sus escenas de contrabandistasy pintorescas figuritas de bandoleros y gitanas que deambulaban por esos parajes como se ve en La Cueva del Gato. Más avanzado el siglo, se puede apreciar la evolución de este género a través de tres obras plenamente realistas:  Vista de la Catedral de Sevilla desde el Guadalquivir de Jiménez Alpériz,  Triana, de Sánchez Perrier  o Vista de Sevilla de Manuel García Rodríguez, cuyos autores participaron en la Escuela de Alcalá que agrupa a los pintores que a finales de siglo se acercaron a las riberas del río Guadaíra para pintar directamente de la naturaleza.  

Otros géneros, como la pintura de historia o el orientalismo, están también representados con las obras Los reyes católicos recibiendo a los cautivos cristianos tras la conquista de Málaga, de Eduardo Cano o Emboscada Mora de Fernando Tirado aunque, sin duda, el costumbrismo es el que más importancia tuvo en la pintura sevillana ya que se prolongó hasta bien entrado el siglo XX. Surge en la época romántica, de la que el museo exhibe Baile en una caseta de feria de Manuel Cabral Bejarano, Pareja de majos de José Gutiérrez de la Vega  y Baile en una taberna de Manuel Rodríguez de Guzmán. En la segunda mitad de siglo es José García Ramos el artista que mejor supo captar el temperamento de tipos populares y escenas de la vida cotidiana, relejada en obras como Pareja de baile, Hasta verte Cristo mío, Malvaloca o El niño del violín. 
Salas XII y XIII

La escultura

La escultura, si bien no alcanza en número de obras a la pintura, posee piezas de una calidad excepcional que nos permiten hacer un recorrido por esta técnica artística en el arte sevillano desde finales del siglo XV a comienzos del XX.

Las primeras obras escultóricas que se exponen en la sala I corresponden a Mercadante de Bretaña, artista que llegó a Sevilla a mediados del siglo XV para trabajar en las obras de la catedral, y a su discípulo y colaborador, el sevillano Pedro Millán, algunas de cuyas piezas, como El entierro de Cristo o el Cristo Varón de Dolores, están firmadas, algo inusual en la época. Se trata de esculturas en barro cocido y policromado, siguiendo una tradición local que tendrá continuación en la obra plenemente renacentista de Pietro Torrigiano. De la mano de éste último son la Virgen de Belén y el impresionante San Jerónimo que, modelado a tamaño natural, es una figura plenamente realista que atrae por su cuidado estudio anatómico. Realizada en barro cocido es también la Cabeza de San Juan Bautista de Gaspar Núñez Delgado, obra naturalista de acusado patetismo. 

El San Jerónimo de Torrigiano sirvió de modelo para el Santo Domingo penitente que Juan Martínez Montañés, el escultor más importante del Barroco sevillano, talló en madera. Junto con su discípulo, Juan de Mesa, realizó el conjunto para la Cartuja de Santa María de las Cuevas de Sevilla que se expone en la sala X. Suyo es el San Bruno, cuya cabeza es una talla realista de primer orden. Juan de Mesa realizó la Virgen de las Cuevas y el San Juan Bautista mientras que las cuatro Virtudes Cardinales se deben a una colaboración entre ambos. La escultura barroca se completa con dos obras del granadino Pedro de Mena, la Dolorosa, tipo iconográfico que el mismo crea y repite en sucesivas ocasiones, y San Juan Bautista Niño y con una Inmaculada atribuída a Duque Cornejo. 

A comienzos del siglo XX, Joaquín Bilbao da muestras de su dominio técnico con el Desnudo femenino y Gitana, obra llena de gracia y movimiento que entronca con el costumbrismo de la pintura del momento.

Además de las obras exentas, la retablística también está  presente en la exposición permanente aunque con obras más modestas como el Retablo de la Redención de Juan Giralte, realizado en madera sin policromar y el Retablo del Bautismo de Miguel Adán, ambos del siglo XVI.

Salas I, II, III, IV, VIII, X y XIII