El origen del museo va a marcarlo profundamente ya que, incluso hoy día, una parte esencial de sus colecciones procede de aquellos fondos desamortizados, que constituyen el grueso de la colección estable, en los que predomina la pintura granadina de tema religioso realizada entre el siglo XVI y el XVIII. Son obras procedentes de monasterios como el de la Cartuja, o series de cuadros que decoraron el interior de conventos como los de San Francisco, la Merced, los trinitarios o los agustinos descalzos.
La colección estable también creció en número a lo largo de la pasada centuria, especialmente por la labor desarrollada por Don Emilio Orozco Díaz, director del museo entre 1956 y 1972, que gestionó numerosas adquisiciones y donaciones con las que, entre otros logros,  se cubrió la laguna que hasta ese momento suponía la ausencia de obras de los artistas granadinos de la primera mitad del siglo XX.

Por último, a partir de 1984, el museo ha recibido un importante impulso en este terreno con la aportación de la Colección de Junta de Andalucía asignada al mismo, colección que está fundamentada en obras de los siglos XIX y XX.

Actualmente la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía ha orientado su política de adquisiciones a cubrir los puntos más débiles de la colección, centrándose en la adquisición de artistas contemporáneos granadinos de reconocido prestigio, como Manuel Ángeles Ortiz, Manuel Rivera o José Guerrero.

Igualmente tras el cierre de las salas del museo para su acondicionamiento, se han llevado a cabo un importante número de intervenciones sobre las colecciones, que han permito detener el deterioro en unos casos y recuperar sus valores artísticos en otros. Junto con las campañas anuales de restauración, el mayor empuje en esta materia ha sido la preparación de la colección para el discurso expositivo. El trabajo desarrollado en estos cuatro años permitirá que el visitante pueda contemplar las obras que integran la exposición permanente en todo su esplendor.