De esta forma, la institución se dota de una infraestructura cuyo objetivo será contextualizar el Sitio de los Dólmenes en el Patrimonio Mundial y en la Tierras de Antequera, territorio de los constructores de los dólmenes, así como presentar las biografías de los monumentos megalíticos de Menga, Viera y El Romeral. Para ello cuenta con cuatro unidades temáticas, dos videografías y dos arqueologías. 

El Museo, proyectado en los años 80, seguía unos criterios patrimoniales y paisajísticos que han sido modificados siguiendo las recomendaciones de UNESCO para garantizar la integración con la naturaleza y reducir el impacto visual del edificio levantado en 1994. Cuenta con una superficie de 4.271,75 m2 y se reparte en su organización interior a través de dos niveles: sótanos y planta principal. 

El edificio, diseño del arquitecto Antonio Campos Alcaide, cuenta con una cubierta vegetal que permite dicha integración, al haber sido plantada con las mismas especies del entorno. De esta forma, la vegetación se desarrolla con la sucesión de las distintas estaciones del año. Su ubicación se encuentra en un nivel inferior respecto a los bienes -dólmenes de Viera y Menga-, que permite que se integre como un elemento más. 

Tras finalizar su construcción, gracias a una inversión de 4,5 millones de euros cofinanciados por la Unión Europea mediante los Fondos FEDER, continúa el trabajo con la adaptación del proyecto museográfico y la museografía de la exposición permanente, valorados en 2,5 millones de euros, así como con la preparación de tres exposiciones temporales.